博物馆成立于1998年，其时首要展现近代水兵有关内容。2004年，马尾区对博物馆做改造，更名为我国船政文明博物馆，全面展现船政在近代我国军事、新式教育、工业制作、科学技术、东西方文明传达等方面的丰硕成果。

  通过十多年的运转，馆内存在设备老化、展陈内容需求更新等问题。上一年9月，博物馆发动全面晋级改造。

  此次晋级改造对馆内的文物进行了充分和调整，新增了老插床、萨公仁寿堂石碑、闽籍水兵将领黄鸣球的舰上办公桌、清末由“来远”舰舵柄改造的墨盒等数十件珍贵文物和很多前史相片，其间不少是初次与大众碰头。

  马尾船政文明研究会会长陈悦说，船政创立时，为学习欧洲的舰船工业科技，曾通过洋员监督日意格、德克碑在欧洲雇佣技术人员、选购机器设备。这台1867年法国出产的插床是第一批运到船政的进口出产设备，学名叫“直刨床”，可用于切削金属件、加工铁板钢铆钉孔等。它是国内现存较早的机床之一，也是船政创立史的见证者。

  这台插床阅历了中法马江海战和民国骚动，抗日战争时期被转移到南平峡阳，抗战成功后运回马尾造船厂，后来又被转移至三明机床厂。2019年，插床被搜集回马尾，入藏我国船政文明博物馆。

  仁寿堂是民国时期福州各界人士为水兵耆宿萨镇冰营建的养老之所，石碑便是仁寿堂的记事碑，碑铭作者陈兆锵是萨镇冰的校友、战友，曾任福州船政局局长。

  在五楼“水兵根基”展厅的展柜中，有一份1930年1月21日的《北洋画报》，上面登载了甲午战争前旅顺黄金山下“平远”舰的相片，这是上一年底博物馆向社会搜集来的。

  “之前我们看到的都是甲午战争后被日军抓获的‘平远’舰相片，而这是现在发现的仅有一张战前‘平远’舰相片。”陈悦说，此前他在法国一博物馆对外发布的信息中发现的多张国内未曾呈现的船政相片，也结合到了新展览中。

  我国船政文明博物馆负责人王芳介绍，博物馆内有两件国家一级文物，分别是“通济”舰舵轮和一台皮带式老车床。

  “通济”舰舵轮“出世”于1894年。“通济”舰是船政制作的第三十四号兵船，原名“建靖”，1895年11月作为操练船运用，更名为“通济”。

  1937年8月12日，“通济”舰被当成堵塞船自沉于江阴封锁线年，博物馆搜集到这件舵轮，这也是迄今为止在馆内展出的仅有一件船政时期制作的舰船舵轮。

  皮带式老车床建于1871年，原本是船政制作的一台龙门刨床，床架部分后来被改制为车床，上世纪90年代，一群文物专家通过绵长的追寻，总算让这台车床重返马尾。